课题组主要研究方向:
基于质谱技术的计算蛋白质学研究

1、高性能的蛋白质鉴定算法与研究;
2、蛋白质翻译后修饰鉴定与分析;
3、蛋白质鉴定软件pFind的开发。

基于蛋白质结构的计算蛋白质学研究
1、蛋白质三维结构预测核心算法研究;
2、基于蛋白质结构域的聚类分析。
基于生物网络的计算蛋白质学研究
1、生物网络拓扑结构分析算法研究;
2、生物功能预测核心算法研究;
3、网络模块化分解算法研究;
4、复杂网络分析在疾病研究中的应用。
  
 
 
基于质谱技术的计算蛋白质学研究

1、
简介

计算蛋白质组学(Computational Proteomics)的主要任务是综合应用算法学、统计学、模式识别、机器学习或数据挖掘等信息处理技术或方法,从计算的角度研究蛋白质组学中的生物或医学信息处理问题。质谱技术是当前蛋白质组学研究中的核心技术,质谱数据中含有关于蛋白质的序列和质量的丰富信息,可以进一步研究蛋白质的修饰,相互作用等内容。因此,基于质谱数据的计算分析是当前计算蛋白质组学的主要研究内容。

计算所生物信息学课题组自2002年开始该方向的研究工作,开发出了中国第一个具有自主知识产权的网络版蛋白质鉴定软件pFind (http://pfind.ict.ac.cn)。依托于计算所在高性能计算领域的优势,当前,正着力推进pFind的真正实用化进程。 目前在该方向共有固定研究人员5人,博士研究生2人,硕士研究生5人。与上海生命科学院、军事医学科学院等单位建立了友好的合作关系。承担的主要课题来源于国家973项目,国家重大专项人类肝脏蛋白质组研究等。

目前的研究重点致力于提高应用质谱技术进行蛋白质鉴定的算法与系统性能,具体包括基于数据库搜索的蛋白质鉴定算法;质谱中同位素信息的应用;以及蛋白质修饰鉴定和定量化等。


  2、软件包

   pFind

   PI(Peptide Identifier)

    PI is a powerful suite on analysis of tandem mass spectrum. PI seeks to fill the need for the deep analysis of tandem mass spectrum, including the fragmentation rules, preference of cleavage, neutral losses, etc. We believe that statistics plays an important role in mass spectrum analysis.


  

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